1991年l2月6日，衛(wèi)生部發(fā)布經(jīng)國務院10月4日批準的《中華人民共和國傳染病防治法實施辦法》。

    1992年，中國確立了建立社會主義市場經(jīng)濟體制的改革目標。市場和市場化一時之間成為最時興的名詞。幾乎在一夜之內(nèi)，方方面面、各行各業(yè)都要向市場化進軍了。衛(wèi)生系統(tǒng)也不甘落后地加入了這個進軍。

    1992年，深圳率先進行了職工醫(yī)院制度改革，對當?shù)卦诼毬毠ぁ㈦x退人員、外來臨時工分別建立綜合醫(yī)療保險、特殊醫(yī)療保險和住院醫(yī)療保險。在主體模式——綜合醫(yī)療保險中，實行企業(yè)和職工雙方繳費、統(tǒng)籌基金支付70％，個人支付30％；屬住院的，由統(tǒng)籌基金支付90％，個人支付10％。這種模式奠定了醫(yī)療費用由雙方負擔的基礎(chǔ)，為我國醫(yī)療制度改革開了先河。

    1992年9月2日，衛(wèi)生部、財政部聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于加強農(nóng)村衛(wèi)生工作若干意見的通知》。

    1992年9月，國務院下發(fā)《關(guān)于深化衛(wèi)生改革的幾點意見》。進一步擴大醫(yī)療衛(wèi)生單位的自主權(quán)，力圖使其真正擁有勞動人事安排權(quán)、業(yè)務建設(shè)決策權(quán)、經(jīng)營開發(fā)管理權(quán)和工資獎金分配權(quán)。要求醫(yī)院要在“以工助醫(yī)”、“以副補主”等方面取得新成績。在國有企業(yè)改革的示范作用下，一些地方的大型醫(yī)院還探索了股份制、職工持股、委托經(jīng)營等公立醫(yī)院的組織變革。此后，點名手術(shù)、特殊護理、特殊病房等新事物，像雨后春筍般在醫(yī)療系統(tǒng)涌現(xiàn)。

    1993年5月,全國醫(yī)政工作會議上。時任衛(wèi)生部副部長的殷大奎在報告中明確表示反對醫(yī)療服務市場化，要求多顧及醫(yī)療的大眾屬性和起碼的社會公平。這番表態(tài)隨即被認為“思想保守，反對改革”。兩派觀點在會議上吵得不可開交。

    1993年9月，衛(wèi)生部發(fā)出《關(guān)于加強醫(yī)療質(zhì)量管理的通知》，要求醫(yī)務人員提高醫(yī)療質(zhì)量意識，加強醫(yī)療質(zhì)量管理，為廣大人民群眾提供優(yōu)質(zhì)高教的醫(yī)療服務。

    1994年2月,國務院發(fā)布《醫(yī)療機構(gòu)管理條例》（國務院179號令），對醫(yī)療機構(gòu)的規(guī)劃布局和設(shè)置審批、登記、執(zhí)業(yè)、監(jiān)督管理以及相關(guān)法律責任進行了規(guī)定，將醫(yī)療機構(gòu)執(zhí)業(yè)管理工作納入法制軌道。

    1995年1月16口，衛(wèi)生部發(fā)布首次“國家衛(wèi)生服務總調(diào)查”結(jié)果。調(diào)查表明，城鄉(xiāng)居民對醫(yī)療服務的需求量明顯增加；居民疾病模式呈現(xiàn)出“急病”下降、“慢病”上升的趨勢；醫(yī)院床位數(shù)、衛(wèi)技人員數(shù)增幅較大。

    1995年1月，國務院在江蘇鎮(zhèn)江、江西九江開始職工醫(yī)療保險“社會統(tǒng)籌和個人賬戶相結(jié)合”的試點，以求實現(xiàn)“人人享有初級生保健”的目標。轟動一時的“兩江模式” 開辟了中國醫(yī)保改革的先河。

    1996年12月，我國召開新中國成立以來的第一次全國衛(wèi)生工作大會，中央總書記江澤民、國務院總理李鵬到會作重要講話。會議強調(diào)堅持把社會效益放在首位，防止片面追求經(jīng)濟利益而忽視社會效益的傾向；強調(diào)優(yōu)先發(fā)展和保證基本衛(wèi)生服務，體現(xiàn)社會公平；強調(diào)合理配置資源等等。

    1997年，中共中央、國務院頒布《關(guān)于衛(wèi)生改革與發(fā)展的決定》，明確我國衛(wèi)生事業(yè)的性質(zhì)是實行一定福利政策的社會公益事業(yè)。明確提出了衛(wèi)生工作的奮斗目標和指導思想。提出了推進衛(wèi)生改革的總要求，在醫(yī)療領(lǐng)域主要有改革城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險制度、改革衛(wèi)生管理體制、積極發(fā)展社區(qū)衛(wèi)生服務、改革衛(wèi)生機構(gòu)運行機制等。這些指導思想成為這一輪改革的基調(diào)和依據(jù)。

    1998年12月，國務院召開全國醫(yī)療保險制度改革工作會議，發(fā)布了《國務院關(guān)于建立城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險制度的決定》，明確了醫(yī)療保險制度改革的目標任務、基本原則和政策框架，要求1999年，在全國范圍內(nèi)建立覆蓋全體城鎮(zhèn)職工的基本醫(yī)療保險制度。以這一文件的發(fā)布為標志，我國城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險制度的建立進入了全面發(fā)展階段。

    1999年6月26日，《中華人民共和國執(zhí)業(yè)醫(yī)師法》正式頒布實施，這是我國制定的第一部有關(guān)醫(yī)師的大法。7月16日，衛(wèi)生部頒布《醫(yī)師資格考試暫行辦法》和《醫(yī)師執(zhí)業(yè)注冊暫行辦法》。

    1999年7月，衛(wèi)生部發(fā)部《第二次國家衛(wèi)生服務調(diào)查分析報告》。與1990年相比，1998年平均每個醫(yī)生全年負擔診療人次由1683下降到1178。全國醫(yī)院病床使用率由80％減少到60%。

    1999年，“市場化”的醫(yī)院改制在部分地區(qū)已經(jīng)付諸實施。遼寧海城拍賣了18所鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院和3所市直醫(yī)院，浙江蕭山出售了全部鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院，山東的臨沂、四川的通江、射洪也開始拍賣衛(wèi)生院。

    2000年，全國衛(wèi)生廳局長會議上正式提出，要把醫(yī)院分為營利性醫(yī)院和非營利性醫(yī)院，提出醫(yī)藥分家。

    2000年1月起，開始實行《處方藥與非處方藥分類管理辦法（試行）》?！掇k法》規(guī)定消費者有權(quán)自主選購非處方藥，并按非處方藥標簽和說明書所示的內(nèi)容使用。

    2000年2月，國家陸續(xù)出臺了《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導意見》及13項配套措施。包括：《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)療機構(gòu)分類管理的實施意見》、《關(guān)于衛(wèi)生事業(yè)補助政策的意見》、《醫(yī)院藥品收支兩條線管理暫行辦法》、《關(guān)于醫(yī)療機構(gòu)有關(guān)稅收政策的通知》、《關(guān)于改革藥品價格管理的意見》、《關(guān)于改革醫(yī)療服務價格管理的意見》、《醫(yī)療機構(gòu)藥品集中招標采購試點工作若干規(guī)定》、《藥品招標代理機構(gòu)資格認定及監(jiān)督管理辦法》、《關(guān)于病人選擇醫(yī)生促進醫(yī)療機構(gòu)內(nèi)部改革的意見》、《關(guān)于開展區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃工作的指導意見》、《關(guān)于發(fā)展城市社區(qū)衛(wèi)生服務的若干意見》、《關(guān)于衛(wèi)生監(jiān)督體制改革的意見》、《關(guān)于深化衛(wèi)生事業(yè)單位人事制度改革的實施意見》。鼓勵各類醫(yī)療機構(gòu)合作、合并，共建醫(yī)療服務集團、盈利性醫(yī)療機構(gòu)，醫(yī)療服務價格放開，依法自主經(jīng)營，照章納稅等條目。這些措辭被解讀成為完全“市場化”的醫(yī)改開綠燈。

    2000年3月，江蘇省宿遷市公開拍賣衛(wèi)生院，拉開了醫(yī)院產(chǎn)權(quán)改革的序幕，共有一百多家公立醫(yī)院被拍賣，實現(xiàn)了政府資本的退出，拉開了以“社會辦衛(wèi)生——衛(wèi)生產(chǎn)業(yè)化——產(chǎn)業(yè)民營化——民營規(guī)范化”為改革思路的醫(yī)改序幕。

    2000年7月27日，中共中央政治局常委、國務院副總理李嵐清在國務院辦公廳召開的全國城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險制度和醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革會議上強調(diào)，要充分認識建立城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險制度和醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的重大意義和緊迫性，同步推進城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險制度、醫(yī)療機構(gòu)和藥品生產(chǎn)流通體制三項改革。

2000年12月，衛(wèi)生部印發(fā)《城市社區(qū)衛(wèi)生服務機構(gòu)設(shè)置原則》、《城市社區(qū)衛(wèi)生服務中心設(shè)置指導標準》、《城市社區(qū)衛(wèi)生服務設(shè)置指導標準》。

    2000年2月2日，財政部、國家計委、衛(wèi)生部聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于衛(wèi)生事業(yè)補助政策的意見》，首次提出允許衛(wèi)生機構(gòu)對“技術(shù)含量較高．資金回收能力較強”的項目，實行銀行貸款、財政貼息等辦法。

    2001年4月13日，衛(wèi)生部印發(fā)《關(guān)于衛(wèi)書監(jiān)督體制改革實施的若干意見》和《關(guān)于疾病預防控制體制改革的指導意見》。

    2001年7月，國務院在青島召開“三項改革”會議，提出：醫(yī)療機構(gòu)應該具有獨立法人，原主辦單位應以出資人身份與之建立規(guī)范的產(chǎn)權(quán)關(guān)系；醫(yī)療機構(gòu)作為獨立事業(yè)法人，必須建立和完善法人治理結(jié)構(gòu)。

    2001年11月衛(wèi)生部印發(fā)《城市社區(qū)衛(wèi)生服務基本工作內(nèi)容（試行）》，同年12月印發(fā)《關(guān)于城市社區(qū)衛(wèi)生服務發(fā)展目標的意見》。

    2001年，根據(jù)世界衛(wèi)生組織公布的《2000年世界衛(wèi)生報告》，所列的191個成員國名單中，在衛(wèi)生費用負擔公平性方面中國排在倒數(shù)第4位；在全球衛(wèi)生系統(tǒng)的總體績效評估上中國排在在第144位，被列為全球衛(wèi)生系統(tǒng)“財務負擔”最不公平的國家之一。

    2001年11月，全國藥品集中招標采購會議決定在全國普遍推行藥品集中招標采購制度。同年12月，召開了首屆藥品集中招標采購專題研討會。

    2002年，中共中央、國務院頒布《關(guān)于進一步加強農(nóng)村衛(wèi)生工作的決定》，要求“到2010年，在全國農(nóng)村基本建立起適應社會主義市場經(jīng)濟體制要求和農(nóng)村經(jīng)濟社會發(fā)展水平的農(nóng)村衛(wèi)生服務體系和農(nóng)村合作醫(yī)療制度”。

    2002年4月，國家計委，衛(wèi)生部等九部委聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于完善"三項改革"試點工作的指導意見》，選定青島、西寧、柳州作為城鎮(zhèn)職工醫(yī)療像險、醫(yī)療衛(wèi)生和藥品生產(chǎn)流通體制3項政革試點的城市，以此推進醫(yī)藥分家的政試點。

    2002年4月,國務院公布《醫(yī)療事故處理條例》，明確規(guī)定“醫(yī)療事故是指醫(yī)療機構(gòu)及其醫(yī)務人員在醫(yī)療活動中違反醫(yī)療衛(wèi)生管理法律、行政法規(guī)、部門規(guī)定和診療護理規(guī)范、常規(guī)，過失造成患者人身損害的事故”。

    2003年，SARS疫情蔓延我國24個省、自治區(qū)、直轄市，報告發(fā)生SARS病人5327例（其中廣東1512例），治愈出院4959例，死亡349例，病死率6.55%。另有19例死于其它疾病。中國開始反思公共衛(wèi)生體系的漏洞，進而開始檢討整個衛(wèi)生事業(yè)。

    2003年1月16日，國務院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)了衛(wèi)生部、財政部和農(nóng)業(yè)部的《關(guān)于建立新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度的意見》，要求“從2003年起，各省、自治區(qū)、直轄市至少要選擇2~3個縣（市）先行試點，取得經(jīng)驗后逐步推開。到2010年，實現(xiàn)在全國建立基本覆蓋農(nóng)村居民的新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度的目標，減輕農(nóng)民因疾病帶來的經(jīng)濟負擔，提高農(nóng)民健康水平?！薄靶滦娃r(nóng)村合作醫(yī)療制度一般采取以縣（市）為單位進行統(tǒng)籌”?！靶滦娃r(nóng)村合作醫(yī)療制度實行個人繳費、集體扶持和政府資助相結(jié)合的籌資機制。農(nóng)民個人每年的繳費標準不應低于10元.

    2003年,第三次國家衛(wèi)生服務調(diào)查。調(diào)查結(jié)果顯示，我國衛(wèi)生總費用從1980年的143．2億元急速上漲到2003年的6623.3億元。政府投入僅占了17％，企業(yè)和社會單位占到了27％，而其余的56％卻都是由居民個人支付的。居民平均每次門診費用和住院費用從1998年到2003年分別上漲了57.5％和76.1％，都遠遠快于居民收入的增長速度。對于醫(yī)療保險所覆蓋的人群，在城鎮(zhèn)地區(qū)大約有1億人左右，農(nóng)村只有全部人口的10％左右。48.9％的居民生病不去醫(yī)院，29.6％的患者本該住院的卻住不起。

    2005年1月，在全國衛(wèi)生工作會議上吳儀做出批示：解決群眾看病難，看病貴的問題需要標本兼治，綜合治理。3月，國務院總理溫家寶也在十屆全國人大三次會議上提出了要切實解決群眾看病難，看病貴的問題。隨著這一問題的逐漸凸現(xiàn)，衛(wèi)生部開始嘗試制定《關(guān)于深化城市醫(yī)療體制改革試點指導意見》。

    2005年的7月，國務院發(fā)展研究中心研究員葛延風主持的研究報告《對中國醫(yī)療衛(wèi)生體制改革的評價與建議》一文，明確提出了“目前中國的醫(yī)療衛(wèi)生體制改革基本上是不成功的”的結(jié)論，這份報告一石激起千層浪，迅速引發(fā)了一場關(guān)于“醫(yī)改是否成功”的全民辯論。

    2005年9月，聯(lián)合國開發(fā)計劃署駐華代表處發(fā)布《2005年人類發(fā)展報告》，指出中國醫(yī)療體制并沒有幫助到最應得到幫助的群體，特別是農(nóng)民，所以結(jié)論是醫(yī)改并不成功。

    2005年,衛(wèi)生部副部長馬曉華發(fā)表講話，嚴厲批評了當前公立醫(yī)療機構(gòu)公益性淡化、過分追求經(jīng)濟利益的傾向，并且著重強調(diào)，“應當堅持政府主導，引入市場機制。產(chǎn)權(quán)制度改革，不是醫(yī)療制度改革的主要途徑，我們決不主張民進國退?！惫婇_始紛紛猜測，國務院關(guān)于醫(yī)改的政策、方向是否要作大的調(diào)整？新一輪的關(guān)于醫(yī)改的論戰(zhàn)，隨即暗流涌動.

    2005年,被確定為醫(yī)院管理年。11月,衛(wèi)生部發(fā)布了《醫(yī)院管理評價指南》，細化了醫(yī)院的評價指標。

    2005年2月28日,上海國泰醫(yī)院投資管理有限公司宣布,將其下屬的上海曲陽醫(yī)院整體委托給上海復旦醫(yī)院管理有限公司管理.國資管理公司托管民營醫(yī)院,這一新型醫(yī)療體制改革模式率先在上海誕生.

    2005年6月28日,審計署審計長李金華向全國人大常委會報告2004年度中央預算執(zhí)行和其他財政收支的審計情況.2003年至2004年8月，衛(wèi)生部和北京市所屬10家醫(yī)院違規(guī)向患者多收費1127萬元，其中醫(yī)療檢查多收費825萬元，藥品多收費302萬元。2001年以來，衛(wèi)生部和北京市所屬10家醫(yī)院收取藥品和醫(yī)療器械廠商等支付的各類折扣、回扣等約3億元。

    2006年,國家啟動《農(nóng)村衛(wèi)生服務體系建設(shè)與發(fā)展規(guī)劃》，改善農(nóng)村縣鄉(xiāng)村三級醫(yī)療衛(wèi)生服務條件。

    2006年的十六屆六中全會通過的《中共中央關(guān)于構(gòu)建社會主義和諧社會若干重大問題的決定》進一步明確提出“建設(shè)覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本衛(wèi)生保健制度”的目標。

    2006年2月，國務院印發(fā)了《關(guān)于發(fā)展城市社區(qū)衛(wèi)生服務的指導意見》。這也標志著，發(fā)展社區(qū)衛(wèi)生服務由部門主導逐步向政府主導轉(zhuǎn)變。截至2007年底，全國所有地級以上城市都已開展了社區(qū)衛(wèi)生服務。全國社區(qū)衛(wèi)生服務中心(站)達2.4萬個，從事社區(qū)衛(wèi)生服務的衛(wèi)生技術(shù)人員總數(shù)達26萬人。

    2006年6月國務院成立深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革部際協(xié)調(diào)工作小組，研究深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的重大問題，提出改革意見。

    2006年9月，由發(fā)改委、衛(wèi)生部牽頭、11家國家部委(后增添到16部委)組成的多部委醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革協(xié)調(diào)小組成立，醫(yī)改協(xié)調(diào)小組成立后，隨即組成醫(yī)院體制改革、醫(yī)保體制、藥品流通體制和衛(wèi)生投入機制4個專題小組，分赴20多個省市專題調(diào)研。

    2006年9月至2007年1月，醫(yī)改方案4大核心部委發(fā)改委、衛(wèi)生部、社保部、財政部在多部委醫(yī)改協(xié)調(diào)小組內(nèi)部就新醫(yī)改方案的制定展開了激烈的內(nèi)部論戰(zhàn)，尤其是衛(wèi)生部和社保部之間最為激烈。

    2007年1月，中央決定，將醫(yī)改方案起草權(quán)暫時從4大核心部委手中剝離。醫(yī)改方案起草進入第二階段，醫(yī)改協(xié)調(diào)小組委托6家國內(nèi)外機構(gòu)進行新醫(yī)改方案各自起草設(shè)計。這六家機構(gòu)分別是北京大學、復旦大學、國務院發(fā)展研究中心、世界衛(wèi)生組織、麥肯錫和世界銀行。2007年的5月，北京師范大學、中國人民大學又加入新醫(yī)改方案的設(shè)計隊伍中。2007年6月，清華大學成為“第九套方案”的遞交者。

    2007年6月，多套醫(yī)改方案“過堂”之后，新醫(yī)改方案起草進入第三階段。在這之后，醫(yī)改核心部委開始減少對其他部委的關(guān)注和批評，轉(zhuǎn)而通過己身負責的項目“擴大地盤”。

    2007年7月23日，國務院發(fā)布《關(guān)于開展城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險試點的指導意見》，啟動了城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險試點,要求2010年覆蓋全國。

    2007年中國社科院對外發(fā)布的社會藍皮書《2007年：中國社會形勢分析與預測》指出，調(diào)查顯示，根據(jù)城鄉(xiāng)居民的看法，目前“看病難、看病貴”已經(jīng)排在“就業(yè)失業(yè)問題”和“收入差距過大、貧富分化”之前，高居三大最突出社會問題之首。

    2007年10月，中共十七大報告首次完整提出中國特色衛(wèi)生醫(yī)療體制的制度框架包括公共衛(wèi)生服務體系，醫(yī)療服務體系，醫(yī)療保障體系，藥品供應保障體系四個重要組成部分，這是在新時期對衛(wèi)生醫(yī)療體系構(gòu)成的全面概括。

    2007年10月，國家發(fā)改委和衛(wèi)生部分別召開了南北兩大片區(qū)的“醫(yī)改座談會”。在這次會議上，討論了醫(yī)改方案征求意見稿。在這個版本的方案中，提出了一個詳細的試點計劃，考慮2008年在公立醫(yī)院運行機制改革、完善政府投入機制、管辦分開、醫(yī)藥分開等領(lǐng)域進行專題試點.

    2008年4月，國務院總理溫家寶兩度召開座談會就醫(yī)改方案征求意見，此后方案再度修改。8月29日,衛(wèi)生部黨組書記高強透露，圍繞公立醫(yī)院改革，將通過試點，用3年時間拿出改革思路和政策措施。

    2008年10月，醫(yī)改協(xié)調(diào)小組發(fā)布了《關(guān)于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的意見（征求意見稿）》，公開向社會征求意見。明確了“建立覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本醫(yī)療衛(wèi)生制度，為群眾提供安全、有效、方便、價廉的醫(yī)療衛(wèi)生服務。到2020年，覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本醫(yī)療衛(wèi)生制度基本建立?！钡男箩t(yī)改總體目標。